(N/A) પદ્ધતિઓ: આ પદ્ધતિઓમાં બે મુખ્ય અભિગમોનો સમાવેશ થાય છે.
$1$. એક્સપ્રેસ્ડ સિક્વન્સ ટેગ્સ $(ESTs)$: એક અભિગમ એવા તમામ જનીનોને ઓળખવા પર કેન્દ્રિત હતો જે $RNA$ તરીકે અભિવ્યક્ત થાય છે.
$2$. સિક્વન્સ એનોટેશન: બીજો અભિગમ અંધાધૂંધ હતો,જેમાં જીનોમના સમગ્ર સેટનું સિક્વન્સિંગ કરવામાં આવ્યું હતું જેમાં તમામ કોડિંગ અને નોન-કોડિંગ સિક્વન્સનો સમાવેશ થતો હતો,અને ત્યારબાદ સિક્વન્સના વિવિધ પ્રદેશોને કાર્યો સોંપવામાં આવ્યા હતા.
સિક્વન્સિંગ માટે,કોષમાંથી કુલ $DNA$ ને અલગ કરવામાં આવે છે અને તેને પ્રમાણમાં નાના કદના રેન્ડમ ટુકડાઓમાં રૂપાંતરિત કરવામાં આવે છે (કારણ કે $DNA$ એક ખૂબ લાંબો પોલિમર છે,અને $DNA$ ના ખૂબ લાંબા ટુકડાઓના સિક્વન્સિંગમાં તકનીકી મર્યાદાઓ છે) અને વિશિષ્ટ વેક્ટર્સનો ઉપયોગ કરીને યોગ્ય યજમાનમાં ક્લોન કરવામાં આવે છે.
ક્લોનિંગના પરિણામે દરેક $DNA$ ટુકડાનું એમ્પ્લીફિકેશન થયું જેથી તેને સરળતાથી સિક્વન્સ કરી શકાય. સામાન્ય રીતે વપરાતા યજમાન બેક્ટેરિયા અને યીસ્ટ હતા,અને વેક્ટર્સને $BAC$ (બેક્ટેરિયલ આર્ટિફિશિયલ ક્રોમોઝોમ્સ) અને $YAC$ (યીસ્ટ આર્ટિફિશિયલ ક્રોમોઝોમ્સ) કહેવામાં આવતા હતા.
આ ટુકડાઓને ઓટોમેટેડ $DNA$ સિક્વન્સરનો ઉપયોગ કરીને સિક્વન્સ કરવામાં આવ્યા હતા જે ફ્રેડરિક સેન્જર દ્વારા વિકસિત પદ્ધતિના સિદ્ધાંત પર કામ કરતા હતા. ત્યારબાદ આ સિક્વન્સને તેમાં હાજર કેટલાક ઓવરલેપિંગ પ્રદેશોના આધારે ગોઠવવામાં આવ્યા હતા. આ માટે સિક્વન્સિંગ માટે ઓવરલેપિંગ ટુકડાઓ બનાવવાની જરૂર હતી. આ સિક્વન્સનું સંરેખણ (Alignment) માનવીય રીતે શક્ય નહોતું,તેથી,વિશિષ્ટ કમ્પ્યુટર-આધારિત પ્રોગ્રામ્સ વિકસાવવામાં આવ્યા હતા. આ સિક્વન્સને ત્યારબાદ એનોટેટ કરવામાં આવ્યા હતા અને દરેક રંગસૂત્રને સોંપવામાં આવ્યા હતા. અન્ય એક પડકારજનક કાર્ય જીનોમ પર આનુવંશિક અને ભૌતિક નકશાઓ સોંપવાનું હતું. આ માહિતી રિસ્ટ્રિક્શન એન્ડોન્યુક્લિએઝ રેકગ્નિશન સાઇટ્સના પોલીમોર્ફિઝમ અને માઇક્રોસેટેલાઇટ્સ તરીકે ઓળખાતી કેટલીક પુનરાવર્તિત $DNA$ સિક્વન્સનો ઉપયોગ કરીને મેળવવામાં આવી હતી.