(N/A) अमोनिया की तरह,एमीन में नाइट्रोजन परमाणु त्रिसंयोजक होता है और इसमें इलेक्ट्रॉनों का एक एकाकी युग्म (unshared pair) होता है। इसलिए,एमीन में नाइट्रोजन कक्षक $sp^{3}$ संकरित होते हैं और एमीन की ज्यामिति पिरामिडल होती है।
नाइट्रोजन के तीन $sp^{3}$ संकरित कक्षकों में से प्रत्येक,एमीन की संरचना के आधार पर हाइड्रोजन या कार्बन के कक्षकों के साथ अतिव्यापन (overlap) करता है।
सभी एमीन में नाइट्रोजन के चौथे कक्षक में इलेक्ट्रॉनों का एक एकाकी युग्म होता है। इलेक्ट्रॉनों के इस एकाकी युग्म की उपस्थिति के कारण,$C-N-E$ (जहाँ $E$,$C$ या $H$ है) बंध कोण $109.5^{\circ}$ से कम होता है; उदाहरण के लिए,ट्राईमेथिलएमीन के मामले में यह $108^{\circ}$ होता है।